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托伐醌（和阿奇霉素）治療犬吉氏巴貝蟲感染病例表現出明顯效果。單獨使用，它是治療犬肺孢子蟲病的二線藥物（僅次于甲氧芐啶/磺胺藥物）。
? 與阿奇霉素合用，可治療貓的胞裂蟲病
? 藥物目前應用范圍有限；狗耐受性很好
? 治療可能相當昂貴
阿托伐醌（與阿奇霉素合用）對治療犬吉氏巴貝蟲（亞洲基因型）感染有效，尤其是對不存在免疫抑制或脾切除術的狗。阿托伐醌可能對治療犬肺孢子蟲病有益，但被認為是磺胺類藥物之后的二線療法。
阿托伐醌（阿奇霉素）可能有助于治療貓胞裂蟲病感染。
阿托伐醌的抗原蟲作用機制尚未完全了解。
人們認為像阿托伐醌這樣的羥基萘醌化合物可選擇性地抑制原生動物線粒體的電子傳遞，從而抑制嘧啶的從頭合成。與哺乳動物細胞不同，某些原生動物不能補救合成預先形成的嘧啶。
沒有找到狗或貓的藥代動力學數據。人口服給藥后，生物利用度為23-47%。食物的存在，特別是高脂肪食物，可以顯著提高生物利用度（禁食給藥的2倍以上）。該藥物與人血漿蛋白高度結合（99.9%），腦脊液中的含量約為血漿含量的1%。人的消除半衰期約為70小時，這可能是由于腸肝循環。肝臟代謝可能有限，但大部分被吸收的藥物最終經糞便排出。
犬貓使用阿伐托醌沒有絕對的禁忌癥。患有吸收不良綜合征或不能在食物中服用藥物的動物應考慮替代療法。
人醫中，該藥物禁用于可發展出或有藥物過敏病史的病人。
對妊娠大鼠的研究表明，阿托伐醌血漿濃度約為按治療劑量給予的人濃度的2-3倍，但未見致畸性增高。兔子的類似研究顯示，母體和胎兒毒性增加（胎兒生長減少，早期胎兒吸收增加）。在人醫，FDA將阿伐托醌歸為懷孕期間的C類藥物（動物研究顯示對胎兒有不良影響，但人類沒有足夠研究；或者沒有動物生殖研究，也沒有對人類有充分研究）
關于這種藥物在哺乳期的安全性資料很少。在大鼠中，乳汁水平大約是母體血漿濃度的三分之一。乳汁中的阿托伐醌對哺乳小狗造成很大風險的可能性很低。
阿托伐醌在犬貓使用有限，其不良反應也不為人所知。一項研究發現使用阿托伐醌和阿奇霉素治療10只狗的吉氏巴貝蟲感染，沒有發現不良反應。據報道，含有阿托伐醌和氯胍的混合產品會導致嚴重的犬胃腸道反應。
在使用阿托伐醌治療的人類中，皮疹（高達39%的患者）和胃腸道反應（惡心、嘔吐、腹瀉）是最常見的不良反應。皮疹或腹瀉可能需要停止治療。在人類中報告的其他不良反應包括過敏反應、肝酶升高、中樞神經系統影響（頭痛、頭暈、失眠）、高血糖、低鈉血癥、發熱、中性粒細胞減少癥和貧血。
該藥物在任何生物的信息都是有限的。最低毒性劑量尚未確定；實驗動物可耐受高達31.5克的劑量。目前針對過量用藥的治療建議基本上是對癥治療和支持療法。
在使用阿托伐醌的人或動物中，已報告或理論上存在以下藥物相互作用，可能對動物有重要意義：
甲氧氯普胺：能降低阿托伐醌血漿濃度
四環素：能降低阿托伐醌血漿濃度
利福平：能降低阿托伐醌血漿濃度
狗：
a） 吉氏巴貝斯蟲（亞洲基因型）感染：阿托伐醌13.3 mg/kg PO q8h，阿奇霉素10 mg/kg PO，每日1次。兩種藥物都給藥10天。那些針對抗原蟲治療未表現迅速療效（3-5天）的病例可預留免疫抑制治療。
b） 肺孢子蟲病：15 mg/kg PO，每日1次，連續3周。
貓：
a） 貓胞裂蟲病：阿托伐醌15 mg/kg PO q8h，結合阿奇霉素10 mg/kg PO q24h，所有病例應靜脈輸液，大部分使用肝素治療。（Birkenheuer，A等人，2008年）
?犬吉氏巴貝蟲的治療監測應包括監測潛在的不良反應和臨床療效的跡象，包括連續的CBC。
?嚴重病例可能表現BUN或肝酶升高，低鉀血癥
?目前關于確定病原體的“清除”（吉氏巴貝斯蟲）應在治療后60天和90天做PCR檢查
告知寵物主人的信息
?在室溫下儲存藥物，遠離強光；
?使用前輕輕搖動藥瓶
?為增加胃腸道的吸收，與高脂肪食物一起服用（例如冰淇淋、金槍魚油、黃油、肉）
?這種藥物在犬貓的副作用還不清楚，如出現皮疹、嚴重或持續性嘔吐或腹瀉，請向獸醫報告
阿托伐醌是一種合成的羥基-1,4-萘醌類抗原蟲藥。呈黃色粉末狀，脂溶性強，不溶于水，微溶于酒精。
市面銷售口服混懸液應在室溫（15–25℃）下儲存在密閉容器中，并防止強光照射；不要冷凍。
Birkenheuer, A (2006). Infectious Hemolytic Anemias. ACVIM Proceedings. Accessed via: Veterinary Information Network. https://goo.gl/DPVKW
Birkenheuer, A, L Cohn, et al. (2008). Atovaquone and azithromycin for the treatment of Cytauxzoon felis. Proceedings: ACVIM. Accessed via: Veterinary Information Network. https://goo.gl/v8MfT
Birkenheuer, A, M Levy, et al. (2004). Efficacy of combined atovaquone and azithromycin for therapy of chronic Babesia gibsoni (Asian genotype) infections in dogs. J Vet Intern Med 18: 494–498.
Greene, C, F Chandler, et al. (2006). Pneumocystosis. Infectious Diseases of the Dogs and Cat. C Greene Ed., Elsevier: 651–658.