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木瓜蛋白酶也稱作木瓜酶，常用于釀造工藝、嫩肉加工、食物加工和醫療藥用。木瓜的主要產地是烏干達、印度、扎伊爾等亞熱帶國家，產量十分有限，而木瓜的進口國家卻有許多，所以番木瓜的價格逐漸上升，而木瓜蛋白酶作為天然有機產物，越來越受到各國人民的追捧。
番木瓜汁水中含有木瓜蛋白酶、木瓜凝乳蛋白酶、木瓜肽酶等成分，而木瓜蛋白酶本身就是蛋白質，它是由212個氨基酸殘基組成的肽鏈，分子量高達27 000，而木瓜蛋白酶的分子中第25位半胱氨酸是活性位點，具有一定的保守性，與二硫鍵的形成無關。
工業常用的木瓜蛋白酶往往未經精化提純，由木瓜蛋白酶、木瓜凝乳酶、半胱氨酸蛋白酶、纖維素酶、溶菌酶、谷氨酰胺和葡萄糖酶等成分組成。
隨著人們經濟條件的改善，對生活品質的追求也逐漸變得更高，人們不再僅僅局限于解決基本溫飽，而是追求食物的口感和外形。木瓜蛋白酶在嫩肉粉中發揮了很重要的作用。如果不添加嫩肉粉，肉類食物經過加熱烹煮以后往往會變得粗糙堅硬，而加入適量的嫩肉粉，則會鎖住肉類中的水分，使食品口感松軟、嫩滑。
木瓜蛋白酶中的半胱氨酰基蛋白酶能夠快速降解肌原纖維和結締組織，即使在90℃左右的溫度下加工，仍然能保持自身的活性，保存了肉類的營養，幫助身體消化和吸收。特別是對于筋腱較多的牛肉而言，濃度適量的含有木瓜蛋白酶的嫩肉粉可以使其口感松軟，易于咀嚼，增加牛肉的口感。
而對于魚肉而言，那些個頭小、價值低的小雜魚往往不太受到歡迎，所以我們可以利用木瓜蛋白酶的水解性質，生產出濃度較高的水解蛋白，將整條小魚溶解成蛋白質濃縮物，制成方便攜帶和食用的小魚罐頭或碎魚肉腸等。除此之外，木瓜蛋白酶還可以延長食品的保質期限，阻止動物肉類、骨頭發生腐敗、變質，也常常作為屠宰場回收骨頭中碎肉成分的重要媒介。
啤酒在長時間儲存的過程中，由于其中的高分子蛋白質發生作用，形成了混濁的霧狀物，使得原本不穩定的膠體溶液中產生大量沉淀，影響后續的銷售、儲存。若要改變這種狀況，則需要在發酵的酒精中添加適量濃度的木瓜蛋白酶成分用以提升啤酒的穩定性，將啤酒中的高分子蛋白質水解，以免產生混濁影響色澤，還可以延長啤酒的保存期。
更重要的是，木瓜蛋白酶能夠使啤酒中游離的氨基酸的含量發生變化，增加啤酒中的氨基酸含量，使得啤酒能保持發泡，如果在啤酒灌裝的過程中適當添加并充分攪拌，可以改善啤酒的口感，增加啤酒中的營養成分。
糕點往往以面粉作為原料，蛋白質含量偏低。而面粉的筋度不高，所以在使用高筋面粉制作糕點時，需要適量增加植物油或蛋的含量，想要做出口感松軟的西式糕點，必須對面粉進行減筋處理，才能提高糕點的疏松效果。木瓜蛋白酶在面粉中的使用，可以水解面粉中的蛋白質，減少面粉筋度，生產出風味優良、口感松軟的餅干和糕點，提升其經濟價值。
大豆蛋白中必需氨基酸含量適當，營養價值高，但是在生產和使用的過程中常常出現沉淀、黏度等情況。采用木瓜蛋白酶可以改變大豆蛋白的理化性質。木瓜蛋白酶中游離的氨基酸與蛋白質發生作用，可以使得大豆蛋白發生凝膠，將濃縮后的大豆蛋白投入肉類、乳品加工，能改善食物中的營養結構，提高經濟效益。
木瓜蛋白酶已經在食品領域廣泛應用，同時在肉類、啤酒、糕點等行業也起到了巨大的作用。使用木瓜蛋白酶可以生產出更多安全、綠色、營養的食品，于無形之中影響和改善著人們的飲食結構和生活品質，而其本身具有的食療保健作用更是有助于人們的身體健康，所以木瓜蛋白酶的市場前景不可估量。