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磷酸吡哆醛是氨基酸代謝中的轉氨酶及脫羧酶的輔酶，能促進谷氨酸脫羧，增進γ-氨基丁酸的生成，后者是神經抑制性遞質。 磷酸吡哆醛是瓜氨酸的輔酶，又是鳥氨酸的輔酶，是臨床上用于治療帕金森綜合癥的藥物。促進轉氨酶進行轉氨作用提高體內多巴胺的含量。
磷酸吡哆醛是一種有機化合物，分子式C8H10NO6P，由維生素B6與磷酸結合形成，包括吡哆醛、吡哆胺、吡哆醇，在體內以磷酸酯的形式存在。其中磷酸吡哆醛和磷酸吡哆胺可以互相轉變，皆為活性型。磷酸吡哆醛是維生素B6的活性形式。磷酸吡哆醛參與催化的幾種反應有：轉氨基作用、α-脫羧作用、β-脫羧作用、β-消除作用、γ-消除作用、消旋作用以及羥醛反應。
磷酸吡哆醛在所有轉氨基作用反應以及一些氨基酸的脫羧與脫氨反應中充當輔酶的角色。磷酸吡哆醛的醛基與氨基轉移酶中特定賴氨酸基團的ε-氨基之間形成希夫堿鍵（內部醛亞胺）。氨基酸底物中的α-氨基置換活性位點賴氨酸殘基的ε-氨基。生成的外部醛亞胺變得去質子化而形成一個醌型中間體，后者轉而在不同的位置上接受一個質子以形成一個酮亞胺。酮亞胺水解，使復合酶的氨基得到再生。
除此之外，磷酸吡哆醛也是某些以不常見的糖（如過氧糖胺、脫氧糖胺）作為底物的轉氨酶所需的輔因子。在這些反應中，磷酸吡哆醛與谷氨酸起反應，谷氨酸的α-氨基轉移到磷酸吡哆醛上，生成磷酸吡哆胺（PMP）。磷酸吡哆胺接著轉移它的氮到糖上，形成一個氨基糖。
磷酸吡哆醛參與的生化過程還有：
β-消除反應，如絲氨酸脫水酶與GDP-4-酮-6-脫氧甘露糖-3-脫水酶（ColD）參與完成的反應[3]
血紅素合成中的縮合反應
多巴→多巴胺
興奮性遞質谷氨酸→ 抑制性遞質γ-氨基丁酸
S-腺苷甲硫氨酸(脫羧) →丙胺（多胺的合成前體之一）
組氨酸(脫羧) →組胺
磷酸吡哆醛不參與賴氨酸分解代謝中的轉氨反應。
此物質由吡哆醛通過吡哆醛激酶的催化進行合成，其過程需要一分子的ATP。磷酸吡哆醛在肝臟中被代謝掉。