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阿莫西林屬于青霉素類抗生素，有較強的殺菌作用。除了普通青霉素能對抗的革蘭氏陽性菌外，它還對抗大腸埃希菌、流感嗜血桿菌等革蘭氏陰性桿菌。
因此，阿莫西林的適應癥也比較多，常用來治療以下感染：中耳炎、鼻竇炎、咽炎、扁桃體炎等細菌性上呼吸道感染；急性支氣管炎、肺炎等細菌性下呼吸道感染；泌尿、生殖系統感染；皮膚、軟組織感染；除此之外，阿莫西林+抗生素（克拉霉素/甲硝唑/四環素）+質子泵抑制劑（奧美拉唑）+鉍劑（枸櫞酸鉍鉀），常用來治療幽門螺桿菌引起的胃腸道潰瘍。
1.胃腸道反應
惡心、嘔吐、腹瀉及假膜性腸炎等。
應對：惡心并且腹瀉是阿莫西林的常見副作用。為了防止腹瀉，飲食方面宜清淡，可在飯后2小時后服藥。
為了治療阿莫西林引起的腹瀉，可服用口服補液鹽并保持充足水分。如果已出現脫水或大便含血的癥狀，應立即就醫。
2.過敏反應
皮疹、藥物熱和哮喘，甚至昏迷，休克等。
應對：輕微的過敏反應包括皮疹、瘙癢、蕁麻疹。出現輕微癥狀時可服用抗組胺藥和氫化可的松進行緩解。
此時不需過度擔憂，但應時刻注意皮疹或皮膚發紅的地方有無繼續蔓延，防止病情惡化。如出現臉、嘴唇、舌頭腫脹或氣短怕風嚴重過敏反應跡象，立即就醫。
3.中樞神經系統癥狀
偶見興奮、焦慮、失眠、頭暈以及行為異常等。
應對：服用阿莫西林后可能會導致入睡困難、早起、夜里經常醒來等睡眠障礙。情況嚴重者，應停用藥物，并到醫院就診。
4.由念珠菌或耐藥菌引起的二重感染
應對：如果出現這類情況，應立即就醫。
1.對青霉素過敏的人群不能服用
阿莫西林是一種最常用的半合成青霉素類廣譜β-內酰胺類抗生素，對青霉素過敏者要禁用。
2.不能與抑菌藥物合用
阿莫西林是在細菌的繁殖期發揮作用，而抑菌藥會使其在繁殖期的藥理作用受到抑制。兩者合用，阿莫西林的殺菌作用會大打折扣。
3.不能與生物制劑同時服用
阿莫西林與生物制劑（媽咪愛、金雙歧等）要岔開服用，一般間隔2-3小時，以免影響生物制劑作為活性菌的療效。
4.不能與丙磺舒同時服用
二者同用可延緩阿莫西林經腎排泄（競爭性的減少阿莫西林的腎小管泌），延長其血清半衰期，因而使本品的血藥濃度升高，不良反應發生率增高。
5.不能與甲氨蝶呤合用
阿莫西林與甲氨蝶呤合用時，可使甲氨蝶呤腎廓清率降低，從而增加甲氨蝶呤毒性。
6.不能和避孕藥同時服用
與避孕藥同服，阿莫西林會對腸胃或者肝臟正常吸收避孕藥產生干擾，導致避孕藥的效果降低。
7.不能和別嘌呤類尿酸合成抑制劑同時服用
別嘌呤類尿酸合成抑制劑會使患者在服用阿莫西林后增加皮膚不良反應的產生機率，危險性大大增加。
8.不能用溫度過高的水送服
在口服時遇到體質敏感者，加上服用方法不當，很可能產生類似青霉素的過敏癥狀。研究表明，阿莫西林在高溫條件下很容易產生致過敏的高聚物，一般60℃可以作為其臨界溫度值。所以，阿莫西林顆粒最好用溫水沖服。
9.不能吃芹菜
吃了芹菜后，阿莫西林會被粗纖維吸收，從而導致其在胃腸道的藥物濃度下降，最終無法達到用藥目的。除了芹菜，豆芽、茄子、韭菜等絕大多數蔬菜以及海帶、紫菜、薯類等，都富含粗纖維，在服用阿莫西林時，最好都別碰。
10.不能飲酒
阿莫西林是屬于青霉素類的半合成藥物，阿莫西林的藥品說明書，并沒有強調需要禁酒的注意事項；但據相關文獻記載，有酒后服用阿莫西林所出現雙硫侖反應的報道。